R (6) 썸네일형 리스트형 R(생물정보학특론)-2(mpg 데이터로 geom_point 그리기)[색, 크기, 투명도, 모양,격자] 세 번째 변수 색깔로 구분하기 install.packages("tidyverse") library("tidyverse") ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x =displ, y =hwy, color =class)) 세 번째 변수 크기로 구분하기 install.packages("tidyverse") library("tidyverse") ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping =aes(x =displ,y =hwy, size =class)) 세 번째 변수 투명도로 구분하기 install.packages("tidyverse") library("tidyverse") ggplot(data = mpg) + geom_point(mappin.. R(생물정보학특론)-2(mpg 데이터로 scatterplot 그리기)[feat.chain&RMSD_scatterplot] mpg data : manufacturer / model / displ / year / cyl / trans / drv / cty / hwy / fl / class displ - 엔진 크기(단위:리터) hwy - 고속도로에서의 자동차 연비(단위:갤런 당 마일, mpg) View(mpg) : [R] 데이터 분석 기초함수 - View() , dim() , str() ggplot(data = mpg) +geom_point(mapping =aes(x =displ,y =hwy)) 가지고 있는 데이터 사용해서 그래프 그려보기! check_final 데이터는 rmsd_info를 담은 csv 형태의 dataframe으로 : PDB_code / Chain / UniProt_ID / RMSD 컬럼을 가진다. rmsd_info R(생물정보학특론)-2(데이터의 시각화) ggplot2: grammar of graphics plot2 library(tidyverse) ggplot2는 그래픽의 문법에 기반한 시각화를 위한 시스템이다. 데이터를 제공하고, 변수를 시각적 요소에 매핑하는 방법과 어떤 그래픽 요소를 사용할지를 지정하면, ggplot2가 작업을 수행해 그래프를 처리해준다. •library(tidyverse) –ggplot2, purr, tibble, dplyr, tidyr, stringr, reader, forcats –위 패키지가 한꺼번에 로딩됨 R(생물정보학특론)-1(How to use R in Google Colab) (tistory.com) R(생물정보학특론)-1(How to use R in Google Colab) Colab 또는 Colaboratory은 .. R(생물정보학특론)-1(How to use R in Google Colab) Colab 또는 Colaboratory은 Google에서 제공하는 대화형 노트북 환경으로, 브라우저를 통해 Python 코드를 작성하고 실행할 수 있다. Colab을 통해 데이터 분석을 수행하고 모델을 생성하며, 이러한 모델을 평가할 수 있습니다. 처리 작업은 구글이 소유한 클라우드 서버에서 이루어지며, 우리는 브라우저와 안정적인 인터넷 연결만 있으면 사용가능하다. https://colab.research.google.com/?hl=ko Google Colaboratory colab.research.google.com colab을 활용해서 간단하게 R을 이용할 수 있는 방법에 대해 알아보자. 위의 colab 링크를 통해 로그인을 하면 다음과 같은 시작 페이지를 볼 수 있다. 새로운 노트를 열고 싶다면 파.. R(생물정보학특론)-1(Data Science) •Import – 데이터를 불러온다 •Tidy – 데이터를 타이디하게 만든다 •Transform – 데이터를 변형한다 •Visualize – 데이터를 시각화한다 •Model – 데이터를 설명할 모델을 만든다 •Communicate – 결과를 소통한다 -PACKAGE의 개념 :R에서 패키지를 사용하는 이유는 목적에 맞는 적절한 분석을 하기위함 특정 패키지를 install하고 싶다면? install.packages('tidyverse') 특정 패키지를 use하고 싶다면? library(tidyverse) R(생물정보학특론)-1(R for Data Science) 생물정보학(Bioinformatics) -생물학 데이터를 모은 대규모 컬렉션에서 연산을 통해 지식을 추출하는 학문 -서열 분석, 유전체 발현 분석, 단백질 구조 예측 *주로 DNA, RNA, Protein의 분석에 활용된다. 교재 : R for data science(R4DS) 환영합니다 | R for Data Science - 한국어 (bookdown.org) 환영합니다 | R for Data Science - 한국어 A book created with bookdown. bookdown.org 이전 1 다음
