전체 글 (18) 썸네일형 리스트형 Yaml 파일(config.yaml) 설정 파일(omegaconf 사용해서 참조하도록 응용) Yaml 파일을 처음 접하게 됐을 때가 새록새록 생각남..py 파일만 쓰다가 .yaml 파일을 추가하고python script에 연동해서 쓸 때의 충격이란ㅋㅋㅋ 일단 실습을 위해anna@Anna-MacBookAirlocal ~ % touch test.py터미널에서 test.py 라는 스크립트를 만들고anna@Anna-MacBookAirlocal ~ % touch config.yamlyaml 파일도 만든다. 이렇게 test.py와 config.yaml 파일이 만들어지는데vscode에서는 .py와 .yaml을 자체적으로 인식(?)한다.여담인데 vscode에서 todo.txt 파일 만들면,이렇게 귀여운 나만의 todo 리스트도 만들어 줌ㅋㅋㅋㅋ 무튼!내가 처음 yaml 파일을 접했을 때, 베니가 어떻게 설명.. MCS 응용(MCS option) - ringMatchesRingOnly, completeRingsOnly and MCSsimilarity 이전 게시글에 이어 MCS를 추가적으로 뜯어보도록 하자. MCS(Maximum Common Substructure)의 정의 그리고 RDkit으로 이미지화 해보기올해부터 영역을 넓혀서 업무를 맡게되었다.처음 Binding Sites discovery로 공동연구를 하다가Protein과 관련된 쪽으로 확장해서 일하다가이제는 Drug discovery로 확장해서 진행하게 됐다..무튼 서버 재부anna-conda.tistory.com 아래에서 cluster 1과 cluster 2를 분류해놓은 것을 보면,네모 박스로 표시된 중심 구조는 완전히 동일하다.그러나 이 공통 구조 이후에 연결된 원자가 N(질소)이냐 O(산소)이냐에 따라서로 다른 클러스터로 분리할 수 있다. 반면, 경우에 따라서는 이러한 차이를 무시하고,.. MCS(Maximum Common Substructure)의 정의 그리고 RDkit으로 이미지화 해보기 올해부터 영역을 넓혀서 업무를 맡게되었다.처음 Binding Sites discovery로 공동연구를 하다가Protein과 관련된 쪽으로 확장해서 일하다가이제는 Drug discovery로 확장해서 진행하게 됐다..무튼 서버 재부팅으로 일을 못하고 있어서 작년 이맘때쯤 처음으로 접했던 concept인MCS를 가볍게 정리해보려고 함.우선 Chemoinformatics 하는 사람이라면 모를 수가 없는 RDKit www.rdkit.orgrdkit 설치는 기본이다.!pip install rdkitcolab에서 실행한다고 하면 다음과 같이 install 하면 된다.from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import rdFMCSfrom rdkit.Chem import Drawdef sh.. 이전 1 2 3 4 ··· 6 다음
